Hyakkimaru a une histoire plutôt particulière : chaque partie de son corps a été vendue à des démons avant qu’il naisse. Après qu’un chirurgien lui soit venu en aide, il se découvre des pouvoirs psychiques pour le moins étranges. Dororo quant à lui est un petit voleur espiègle, ensemble ils voyagent dans le Japon avec l’espoir de trouver un endroit tranquille pour y vivre en paix. Il devra pour cela affronter plusieurs forces obscures et des esprits malsains.